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Laboratory of Biomolecular Dynamics College of Chemistry and Molecular Engineering & Center for Life Sciences Peking University
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Tanglab introduction to research direction
Tutorial:面向团队使用的GPT-bot
本文面向Tanglab及其它小型团队的工作人员 本系列教程旨在简化教学流程,并提供小型团队飞书GPT-BOT搭建的思路。 本系列教程所需的预备知识(prerequisite)包括服务器的运维和chatGPT的使用
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Tutorial:轻松上手Tanglab数据库
本文面向Tanglab及其它小型团队的工作人员 本文在一定程度上参考了MDN Web Docs,本系列教程旨在简化教学流程,并提供小型团队数据库搭建的思路。若希望更为全面地掌握Django及其它数据库知识,应阅读官方文档。 本系列教程所需的预备知识(prerequisite)仅包括浏览器使用和基本数据逻辑
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Tutorial:轻松上手Amber&AmberTools【1】
本文面向Tanglab及类似的希望针对生物体系做分子动力学模拟的科研人士 本文在一定程度上参考了Amber Tutorials ,本系列教程旨在提供一些作者的使用经验。若想更为全面地掌握Amber分子动力学模拟软件,应当阅读官方教程。 本系列教程所需的预备知识(prerequisite)包括掌握Linux的基本命令,以及对分子动力学模拟理论的大致了解。
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Tutorial:轻松上手Amber&AmberTools【0】
序 关于计算化学的重要性等诸多假大空的套话,此处就不再赘述。从实用性出发,在实际的科研生活中,有相当一部分科研人员需要一定的理论计算来辅助已有的实验成果。倘若将其外包,难免所费不赀;若说合作,不见得有计算组愿意加入进来。倘若自学,又嫌寸金寸阴,唯恐花费太多精力。故笔者编写本系列教程时力求简明,省去所有不必要的理论知识,以期让读者花费最少的时间做出见刊水平(至少HyperChem是不能往论文上放的)的分子动力学模拟。
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Protocol:化学交联质谱实验方案
化学交联质谱是一种获取蛋白质结构,分析蛋白质相互作用的有力的工具。化学交联质谱分析流程如下:在蛋白单体或复合物溶液中加入适量交联剂,交联剂为线性结构,两端的反应基团由间隔臂所连接起来,反应基团可与氨基酸残基侧链的官能团进行反应,若两个可反应的氨基酸侧链其空间距离小于或等于交联剂间隔臂臂长,则可以两个位点可被交联剂共价连接起来;使用蛋白酶将样品蛋白酶切为肽段,进入液质联用系统获得数据和数据处理,得到大量成对的交联位点。
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Tutorial:从零开始的Linux使用【1】
本文面向Tanglab及类似的需要使用Linux、但缺乏相关基础的科研人士 本文基于《TLCL 快乐的 Linux 命令行》 ,计划每周给实验室同学普及一些linux常识。如果你希望深入学习,应当阅读原文。 如果你拥有丰富的经验,基础内容对你的帮助可能比较有限,但扩展内容应该能给你一些有益的启发。
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Tutorial:从零开始的Linux使用【2】
本文面向Tanglab及类似的需要使用Linux、但缺乏相关基础的科研人士 本文基于《TLCL 快乐的 Linux 命令行》 ,计划每周给实验室同学普及一些linux常识。如果你希望深入学习,应当阅读原文。 如果你拥有丰富的经验,基础内容对你的帮助可能比较有限,但扩展内容应该能给你一些有益的启发。
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Tutorial:基于Hexo框架的GitHub个人主页搭建教程(前篇)
年前的暑假,笔者曾经对照着网上的教程,试着弄一个专属于自己的GitHub主页,但由于笔者对具体的技术细节不太熟悉,加之时间不太充裕,写作灵感又极其匮乏,于是套了个Material主题后就不了了之。
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F&Q:搭建GitHub主页的常见问题
笔者在亲手搭建GitHub主页时,时常遇到一些奇怪的故障,这些故障或是由插件或网页主题的代码错误引起,或是由于不可言说的网络问题所致,现将目前为止遇到的较为棘手的故障,以及对应的解决方案,一并汇总在这篇文章中,供以后采用Hexo搭建博客时参考。 GitHub部分
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