Tanglab@PKU

本文对Xplor-NIH计算软件的使用方法做出简单介绍

本文面向Tanglab及类似的希望针对生物体系做分子动力学模拟的科研人士

本文在一定程度上参考了Amber Tutorials ，本系列教程旨在提供一些作者的使用经验。若想更为全面地掌握Amber分子动力学模拟软件，应当阅读官方教程。

本系列教程所需的预备知识（prerequisite）包括掌握Linux的基本命令，以及对分子动力学模拟理论的大致了解。

本文面向Tanglab及类似的希望针对生物体系做分子动力学模拟的科研人士

本文在一定程度上参考了Amber Tutorials ，本系列教程旨在提供一些作者的使用经验。若想更为全面地掌握Amber分子动力学模拟软件，应当阅读官方教程。

本系列教程所需的预备知识（prerequisite）包括掌握Linux的基本命令，以及对分子动力学模拟理论的大致了解。

过来人经常讲给赶路人的几个故事

华中农业大学，刘主

2009年本科毕业后，我穿过武汉大学的后门（工学部茶港门），进入到隔壁的中科院武汉物理与数学研究所读研究生，拜在授业恩师唐淳研究员门下，历经博士、博士后的学习和修行，在2018年春天出山，来到华中农业大学工作。那一段近十年的赶路经历，虽谈不上西天取经那般艰难，但于我个人而言，岂止九九八十一难。从茶港的东三小路走到华农的狮子山大道，我自吹是“踏平坎坷成大道”。现在，我建立了实验室，也在指导着学生，身不由己地成为了他们眼中的过来人。过来人总是烦人的，但我仍时常把我那段赶路岁月里的几个经验讲给他们听，模仿着唐老师以前的模样，盼望着他们各自走向自己的人生大道，可谓师承。

0 前言

化学交联质谱是一种获取蛋白质结构，分析蛋白质相互作用的有力的工具。化学交联质谱分析流程如下：在蛋白单体或复合物溶液中加入适量交联剂，交联剂为线性结构，两端的反应基团由间隔臂所连接起来，反应基团可与氨基酸残基侧链的官能团进行反应，若两个可反应的氨基酸侧链其空间距离小于或等于交联剂间隔臂臂长，则可以两个位点可被交联剂共价连接起来；使用蛋白酶将样品蛋白酶切为肽段，进入液质联用系统获得数据和数据处理，得到大量成对的交联位点。
该技术目前已经成功应用于蛋白质结构信息获取，蛋白质相互作用鉴定。具有样品需求量少、对蛋白质所处环境要求低、不受分子量限制、可进行原位交联、操作简便、获取信息量大等优点。本文将对化学交联质谱的实验操作流程及后续数据分析进行简介

本文面向Tanglab及类似的需要使用Linux、但缺乏相关基础的科研人士

本文基于《TLCL 快乐的 Linux 命令行》 ，计划每周给实验室同学普及一些linux常识。如果你希望深入学习，应当阅读原文。

如果你拥有丰富的经验，基础内容对你的帮助可能比较有限，但扩展内容应该能给你一些有益的启发。

一年前的暑假，笔者曾经对照着网上的教程，试着弄一个专属于自己的GitHub主页，但由于笔者对具体的技术细节不太熟悉，加之时间不太充裕，写作灵感又极其匮乏，于是套了个Material主题后就不了了之。

最近适逢疫情严峻，笔者无法顺利开展实验，于是决定重拾计算机的“老本行”，钻研一下如何搭建自己的GitHub主页。经过这一两天的努力，笔者终于完成了GitHub个人主页的搭建，接下来只需要对博客进行小修小补，并搞清楚版本管理与部署即可。

也许有人会问，按你的说法，用Hexo搭建GitHub个人主页，只需要一天搭框架，一天修故障，不是易如反掌的事？但换个角度想，笔者毕竟没有按部就班照着一份系统的教程来建主页，而是把网上的资料东拼西凑，才勉强搭了一个能用的，其中踩过的坑和绕过的远路，只有自己知晓。为了避免今后再费周折，笔者决定写下这篇教程，既是给自己准备一份建站的参考资料，也可以用来帮助其他初涉Hexo，希望用它搭建博客的爱好者。

既然这样，那……就开始了？

笔者在亲手搭建GitHub主页时，时常遇到一些奇怪的故障，这些故障或是由插件或网页主题的代码错误引起，或是由于不可言说的网络问题所致，现将目前为止遇到的较为棘手的故障，以及对应的解决方案，一并汇总在这篇文章中，供以后采用Hexo搭建博客时参考。

（限于篇幅，笔者将搭建教程拆分为两篇。嗯，还记得之前做了什么工作？回去看看吧）

筌者所以在鱼，得鱼而忘筌；言者所以在意，得意而忘言